企业要清晰地认识EHR系统作为一个管理工具，并不能代替管理，但有些企业经常会陷入误区，认为EHR就是一个无所不能的万金油，最后适得其反，反而把自己的管理体系弄得一塌糊涂。因为企业如果本来就是混乱不堪，零散，随性的管理运营模式，那么基本上EHR就变得无用武之地了。比如说，有很多落后的中小企业，财务、人事、行政之间交叉管理，职能不清晰，EHR根本就设计基础，它到底是一个程序系统，运行依靠更多的是企业自身规律，不能作为实体的CHO(首席人力资源官)去为你完善和规范你的人力资源系统。
EHR的应用，需要建立在企业自身有比较完善规范的人力资源管理基础上，只有企业对于自身人力资源管理现状有了清醒的认识，再结合现阶段管理需求进行了必要的改进后，才有可能在实施EHR之前做好规划设计，为系统提供设计指引和实施基础，EHR系统成功上线，为人力资源改进方案提供技术支持。两者的紧密结合，相互相成。
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EHR系统成功应用，必须保证有取得高层管理者理解支持，包括预算、人力、时间、决策等，需要有完善的HR制度和规范的管理模式，并建立精练的EHR系统开发的小组专门负责项目。EHR的推出，必须向所有部门、人员进行宣传指引，让员工接受和认识到EHR系统给他们带来的好处，创造良好实施环境，再向管理者、HR执行者提供有针对性的培训。在详细实施计划过程中，全程收集记录遇到的问题并及时解决改善。
企业的人力资源管理不但需要电子信息化的改革，更需要加强企业自身的实际操作的“内功修炼”，只有企业有了先进的管理理念和规范完善的制度，EHR系统才能跟随着开发、创新，千万不要本末倒置，盲目信息化。
